公開日 : 2026年10月02日 最終更新日時 : 2026年10月02日

株式譲渡と事業譲渡の違いとは？メリット・デメリットと選び方をわかりやすく比較

会社の売却を考え始めると、「株式譲渡」と「事業譲渡」という言葉を目にする機会が増えてきます。

どちらも中小企業のM&Aでよく使われる方法ですが、売るものや手続き、かかる税金、引き継がれる範囲は大きく異なります。

どちらの方法を選ぶかによって、経営者の手元に残るお金や、従業員・取引先への影響も変わってきます。

ここでは、株式譲渡と事業譲渡の違いを比較しながら、それぞれのメリット・デメリットと、自社に合った方法の選び方について解説します。

株式譲渡とは？

株式譲渡は、売手企業の株主が保有する株式を買手に譲り渡し、会社の経営権を移す方法です。

株式を売るのは会社ではなく株主なので、売却代金は株主である経営者個人に支払われます。

会社の資産や負債、従業員との雇用契約、取引先との契約、許認可などは、原則としてすべてそのまま会社に残ります。

株式譲渡のメリット

• 手続きが比較的シンプルで、短期間で成約しやすい
• 従業員の雇用や取引先との契約が、原則としてそのまま引き継がれる
• 許認可を取り直す必要がない場合が多い
• 売却代金が経営者個人に入るため、引退後の資金にしやすい

株式譲渡のデメリット

• 会社の一部だけを売ることはできず、会社全体を引き継ぐことになる
• 簿外債務や未払いの残業代など、隠れたリスクも買手に引き継がれるため、買手が慎重になりやすい
• 株主が複数いる場合は、全員の同意を取りまとめる必要がある

事業譲渡とは？

事業譲渡は、会社が営んでいる事業を、設備や在庫、取引先との関係、ノウハウなどとともに買手に譲り渡す方法です。

複数の事業を持つ会社が、一部の事業だけを売って本業に集中したい場合などにも使われます。

事業譲渡のメリット

• 売る事業や資産、引き継ぐ契約を選ぶことができる
• 一部の事業だけを売り、会社そのものは残すことができる
• 買手は、簿外債務などのリスクを引き継ぎにくい

事業譲渡のデメリット

• 資産や契約を一つずつ移す必要があり、手続きに手間と時間がかかる
• 従業員は、一人ひとりの同意を得て転籍してもらう必要がある
• 取引先との契約も、相手の同意を得て結び直す必要がある
• 許認可は引き継げないことが多く、買手が取り直す必要がある
• 売却代金は会社に入るため、経営者個人の手元にお金を移すには、別に手続きが必要になる

株式譲渡と事業譲渡の違いを比較

比較項目	株式譲渡	事業譲渡
売るもの	会社の株式	会社の事業（全部または一部）
売手（代金を受け取る人）	株主（経営者個人など）	会社
引き継ぐ範囲	会社全体（資産・負債・契約・従業員）	契約で決めた資産・契約のみ
従業員	原則そのまま雇用が続く	個別の同意を得て転籍
許認可	原則そのまま	取り直しが必要なことが多い
手続きの手間	比較的少ない	多い
主な税金	株主個人の譲渡所得税	会社の法人税、資産にかかる消費税

税金の違い

株式譲渡では、株主である経営者個人が株式を売って得た利益（譲渡所得）に対して、所得税と住民税がかかります。株式の譲渡所得は、給与など他の所得とは分けて計算される「申告分離課税」で、税率は所得税・住民税などを合わせて約20%です。[注1]

一方、事業譲渡では、会社が事業を売って得た利益に法人税がかかります。また、譲渡する資産のうち、設備や在庫、営業権などには消費税もかかります。[注2]

さらに、事業譲渡で会社に入った代金を経営者個人が受け取るには、役員退職金や配当などの形で支払う必要があり、そこでも別に税金がかかります。

どちらの方法が税金面で有利かは、会社の財務状況や経営者の状況によって変わるため、税理士などの専門家に試算してもらうことが大切です。

手続きの違い

株式譲渡は、主に株式譲渡契約を結び、株主名簿を書き換えることで手続きが完了します。会社が株式の譲渡に制限をかけている場合は、取締役会や株主総会での承認も必要です。

事業譲渡は、事業譲渡契約を結んだうえで、資産の名義変更や契約の結び直し、従業員の転籍などを一つずつ進めます。事業の全部や重要な一部を譲渡する場合は、株主総会の特別決議も必要になります。[注3]

手続きにかかる期間の目安

株式譲渡は、買手が見つかって条件がまとまれば、最終契約からクロージング（代金の支払いと株式の引き渡し）まで比較的短い期間で進められます。

事業譲渡は、資産の名義変更や契約の結び直し、従業員の転籍の手続き、許認可の取り直しなどがあるため、最終契約のあとも準備に時間がかかります。特に、許認可が必要な業種では、買手が新たに許認可を取得するまで事業を始められないこともあるため、スケジュールに余裕を持たせることが大切です。

どちらの方法でも、相手探しから成約までは半年〜1年ほどかかるのが一般的です。売却を考え始めたら、早めに専門家へ相談しておきましょう。

自社に合った方法の選び方

株式譲渡が向いているケース

• 会社全体を引き継いで、経営から退きたい
• 従業員の雇用や取引先との関係を、そのまま守りたい
• 許認可が必要な事業を営んでいる
• 売却代金を経営者個人の引退後の資金にしたい

事業譲渡が向いているケース

• 複数の事業のうち、一部だけを売りたい
• 会社は残して、別の事業を続けたい
• 会社に負債や訴訟などのリスクがあり、買手が会社全体の引き継ぎを避けたいと考えている

買手の意向も確認する

M&Aは売手と買手の合意で成り立つため、売手の希望だけで方法を決められるわけではありません。

たとえば、売手は株式譲渡を望んでいても、買手が「会社の過去のリスクまでは引き継ぎたくない」と考えれば、事業譲渡を提案されることもあります。

仲介会社は、売手と買手の双方の事情をふまえて、最適な方法を提案してくれます。

株式譲渡と事業譲渡でよくある質問

赤字の会社でも株式譲渡できますか？

赤字であっても、独自の技術や優良な取引先、許認可、人材などに価値があれば、株式譲渡が成立するケースはあります。

ただし、借入金が多い場合などは、売却価格が低くなったり、借入金の扱いについて買手と交渉が必要になったりすることがあります。

事業譲渡のあと、残った会社はどうなりますか？

事業譲渡のあとも、会社そのものは残ります。残った事業を続けることもできますし、すべての事業を譲渡した場合は、会社を清算（解散）することもできます。

清算する場合は、会社に残った財産を株主に分配する手続きが必要になり、そこでも税金がかかるため、事前に専門家に相談しておきましょう。

株式譲渡・事業譲渡以外のM&Aの方法

会社分割

会社分割は、会社の事業の一部または全部を、ほかの会社に包括的に引き継がせる方法です。

事業譲渡と似ていますが、資産や契約、従業員の雇用などをまとめて移すことができるため、一つずつ同意を取り直す手間を減らせる場合があります。一方で、会社法に定められた手続きが必要で、債権者を保護するための手続きなどに時間がかかります。

合併

合併は、2つ以上の会社が1つの会社になる方法です。売手企業は買手企業に吸収されて消滅するのが一般的で、株主は代わりに買手企業の株式などを受け取ります。

株式交換

株式交換は、買手企業が売手企業の株式をすべて取得し、その代わりに自社の株式を売手企業の株主に渡す方法です。買手が現金を用意しなくてもよい一方、売手の株主は現金ではなく買手企業の株式を受け取ることになります。

どの方法も、税金や手続きの負担が大きく異なるため、仲介会社や税理士、弁護士などの専門家と相談しながら、自社に合った方法を選ぶことが大切です。

株式譲渡と事業譲渡の違いを知って、自社に合った方法を選ぼう

株式譲渡は、株主が株式を売って会社全体を引き継ぐ方法で、手続きが比較的シンプルなため、中小企業のM&Aで多く使われています。

事業譲渡は、会社が事業の全部または一部を売る方法で、引き継ぐ資産や契約を選べる一方、手続きに手間がかかります。

売却代金を受け取る人や、かかる税金も異なるため、自社の状況や買手の意向をふまえ、専門家と相談しながら方法を選ぶことが大切です。

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[注1] 国税庁：株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）

[注2] 国税庁：課税の対象となる取引

[注3] e-Gov法令検索：会社法