公開日 : 2026年10月05日 最終更新日時 : 2026年10月05日

会社を売ったら税金はいくら？株式譲渡にかかる税金の計算方法と節税のポイント

会社を売却すると、まとまった売却代金が手に入ります。しかし、その金額がそのまま手元に残るわけではありません。売却で得た利益には税金がかかるため、実際に手元に残る金額は、売却価格よりも少なくなります。

特に、中小企業のM&Aで最も多く使われている「株式譲渡」では、株式を売った経営者個人に税金がかかります。

売却後に「思ったより手元に残らなかった」と慌てないためには、税金の仕組みをあらかじめ理解し、どのくらいの税金がかかるのかを試算しておくことが大切です。

ここでは、株式譲渡で会社を売却したときにかかる税金の種類や計算方法、具体的な計算例、確定申告の時期、節税の考え方と注意点について解説します。

株式譲渡で会社を売ったときにかかる税金

株式譲渡で会社を売却すると、売手は株主である経営者個人です。そのため、税金も経営者個人にかかります。

株式を売って得た利益は「譲渡所得」と呼ばれ、給与所得などとは分けて税金を計算する「申告分離課税」の対象になります。[注1]

税金の種類	税率
所得税	15%
復興特別所得税	0.315%（所得税額の2.1%）
住民税	5%
合計	20.315%

給与所得や事業所得は、所得が多いほど税率が上がる「累進課税」ですが、株式の譲渡所得は、利益の金額にかかわらず税率が一定です。そのため、売却額が大きくても、税率が急に上がることはありません。

法人が株主の場合

株主が個人ではなく法人の場合（持株会社が株式を持っている場合など）は、譲渡所得ではなく、法人の利益として法人税などがかかります。どちらの形で株式を持っているかによって税金が変わるため、まずは自社の株主構成を確認しておきましょう。

株式譲渡の税金の計算方法

株式譲渡の税金は、次の式で計算します。

1. 譲渡所得 ＝ 譲渡価格 −（取得費 ＋ 譲渡費用）
2. 税額 ＝ 譲渡所得 × 20.315%

取得費とは

取得費は、売却した株式を手に入れたときにかかった金額です。会社を設立したときに出資した金額や、ほかの株主から株式を買い取ったときの金額などが該当します。

創業から長い年月がたっていて、取得費が分からない場合は、譲渡価格の5%を取得費とする「概算取得費」を使うことができます。[注2]

譲渡費用とは

譲渡費用は、株式を売るために直接かかった費用です。代表的なものは、M&A仲介会社に支払う手数料です。

M&Aの仲介手数料は数百万円〜数千万円になることもあるため、譲渡費用として正しく差し引くことで、税金を大きく減らすことができます。どの費用が譲渡費用にあたるかは、税理士に確認しておきましょう。

株式譲渡の税金の計算例

計算例

• 譲渡価格：1億円
• 取得費（設立時の出資額）：1,000万円
• 譲渡費用（仲介手数料）：500万円

項目	計算	金額
譲渡所得	1億円 −（1,000万円 ＋ 500万円）	8,500万円
税額	8,500万円 × 20.315%	約1,727万円
手元に残る金額	1億円 − 500万円 − 約1,727万円	約7,773万円

この例では、売却価格が1億円でも、手数料と税金を差し引くと、手元に残るのは約7,773万円になります。

取得費が分からない場合

同じ例で、取得費が分からず概算取得費を使う場合は、取得費は譲渡価格の5%にあたる500万円になります。

• 譲渡所得：1億円 −（500万円 ＋ 500万円）＝ 9,000万円
• 税額：9,000万円 × 20.315% ＝ 約1,828万円

実際の取得費が5%より大きい場合は、実際の金額を使った方が税金は少なくなります。設立時の資料や、株式を買い取ったときの契約書などは、売却前に探しておきましょう。

確定申告と納税の時期

株式譲渡の税金は、売却代金を受け取ったときに差し引かれるわけではありません。売却した年の翌年に、自分で確定申告をして納める必要があります。

売却代金を受け取ると、つい大きな買い物や投資に使いたくなりますが、翌年の納税に必要な金額は、必ず手元に残しておきましょう。

また、譲渡所得があると、翌年の住民税や、国民健康保険料などの金額にも影響することがあります。引退後の生活資金の計画を立てるときは、こうした負担も考えておくと安心です。

株式譲渡の税金を抑える考え方

役員退職金を受け取る

売却の前に、経営者が会社から役員退職金を受け取る方法があります。

役員退職金は「退職所得」となり、勤続年数に応じた退職所得控除を差し引いたうえで、残りの金額の2分の1に税金がかかる仕組みです（勤続年数などによって例外があります）。[注3]

また、会社が退職金を支払うと、その分だけ会社の財産が減り、株式の評価額も下がります。株式の売却価格は下がりますが、退職金と売却代金を合わせた手取りが増える場合があります。

ただし、退職金の金額が高すぎると、会社の経費として認められないことがあります。また、買手にとっても会社の財産が減ることになるため、買手との交渉の中で決める必要があります。

取得費と譲渡費用を正しく差し引く

取得費の資料を探しておくこと、仲介手数料などの譲渡費用を漏れなく差し引くことも、税金を抑えるために大切です。

売却の時期や方法を検討する

株式譲渡か事業譲渡かによっても、かかる税金は大きく変わります。事業譲渡の場合は、会社に法人税がかかり、代金を経営者個人が受け取るまでにさらに税金がかかることもあります。

売却の方法を決める前に、税理士に複数のパターンで試算してもらうと安心です。

株式譲渡の税金でよくある質問

家族で株式を持っている場合は、どうなりますか？

株式を家族など複数の株主で持っている場合は、それぞれの株主が、自分の持っている株式の売却分について、個別に確定申告をして税金を納めます。

売却代金の分け方は、持っている株式の数に応じて決まります。誰が何株持っているかを、株主名簿などで事前に確認しておきましょう。

売却代金を分割で受け取る場合は、どうなりますか？

売却代金を何回かに分けて受け取る場合でも、原則として、株式を引き渡した年の譲渡所得として、まとめて申告する必要があります。

一部の代金を、売却後の業績などに応じて後から受け取る契約の場合は、扱いが変わることもあるため、税理士に確認しておきましょう。

株式の売却で損が出た場合は、どうなりますか？

売却価格が取得費と譲渡費用の合計より少なく、利益が出なかった場合は、譲渡所得の税金はかかりません。

ただし、非上場株式の売却で出た損失は、給与所得など他の所得と相殺することはできません。同じ年に、ほかの非上場株式の売却で利益が出ている場合は、その利益と相殺できることがあります。

確定申告をしないと、どうなりますか？

株式譲渡で利益が出たのに確定申告をしなかった場合は、本来の税金に加えて、無申告加算税や延滞税がかかることがあります。

M&Aの売却代金は金額が大きいため、加算される税金も大きくなります。売却した年の翌年には、忘れずに確定申告を行いましょう。

売却前に準備しておきたいこと

取得費が分かる資料を集める

会社を設立したときの資料（定款、払込みの記録など）や、ほかの株主から株式を買い取ったときの契約書などを探しておきましょう。実際の取得費が分かれば、概算取得費よりも税金を抑えられる場合があります。

株主構成を確認する

家族や親族、元役員などが株式を持っている場合は、売却の際に全員の同意が必要になります。誰が何株持っているのか、名義だけの株主（名義株）がいないかを、株主名簿などで確認しておきましょう。

手取り額を試算しておく

売却価格の目安が分かったら、仲介手数料や税金を差し引いて、手元にいくら残るかを税理士に試算してもらいましょう。手取り額が分かれば、引退後の生活資金の計画も立てやすくなります。

株式譲渡の税金を理解して、手元に残る金額を確認しよう

株式譲渡で会社を売却すると、経営者個人に、譲渡所得に対して20.315%の税金がかかります。税金がかかるのは、売却価格から取得費と譲渡費用を差し引いた利益の部分です。

税金は売却した年の翌年に確定申告をして納めるため、納税に必要な金額は必ず手元に残しておきましょう。役員退職金の活用など、税金を抑える方法もあるため、売却前に税理士と相談しておくことが大切です。

株式会社つなぐコンサルティングが運営する「M&A一括見積の窓口」では、会社の売却を検討している経営者様向けに、M&A仲介会社の一括見積もりサービスを提供しています。

「売却後に手元にいくら残るか知りたい」「税金のことまで相談できる仲介会社を選びたい」とお考えの方は、ぜひM&A一括見積の窓口にご相談ください。

[注1] 国税庁：株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）

[注2] 国税庁：取得費が分からないとき

[注3] 国税庁：退職金を受け取ったとき（退職所得）